คณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ โดยภาคชีววิทยา เริ่มต้นรวบรวม และเก็บตัวอย่างสิ่งมีชีวิต พืชและสัตว์ จากการนำนักศึกษา ออกศึกษาภาคสนาม ตัวอย่างที สอน บางส่วนนามาจัดนิทรรศการ ต เป็นพิพิธภัณฑ์พืชนานาชาติ นับเป็น ๑ ใน ๔ พิพิธภัณฑ์พืชในประเทศไทย ที่ได้รับการขึ้นทะเบียนเป็นพิพิธภัณฑ์พืชนานาชาติ ปัจจุบัน มีตัวอย่างพืชในประเทศไทยประมาณ ๓๐,๐๐๐ ตัวอย่าง สำหรับตัวอย่างสัตว์ได้มีการเก็บรวบรวมไว้จำนวนมาก และจัดเก็บเป็นระบบ สำหรับการศึกษาอ้างอิง คณะวิทยาศาสตร์จึงยกระดับเป็นหน่วยงานอิสระขึ้นตรงกับคณะ วิทยาศาสตร์ โดยในปี ๒๕๓๗ ได้รับงบประมาณแผ่นดินเพื พิพิธภัณฑสถาน ๑ หลัง ใช้ชื่อว่า “พิพิธภัณฑสถานธรรมชาติวิทยาแห่ง มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์” รวบรวมกิจกรรมของพิพิธภัณฑ์พืชเข้าไว้ด้วย กันเพื่อให้ พิพิธภัณฑสถานธรรมชาติวิทยาเป็นแหล่งเรียนรู้ และแหล่งวิจัย ด ศึกษาของนักวิจัยทั้งในและนอกประเทศ